Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:
•    biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
•    abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
•    antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, uciążliwe inwestycje, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Zagrożenia biotyczne
7587 ha, tj. 36,2% powierzchni leśnej nadleśnictwa, stanowią drzewostany na gruntach porolnych. Zagrożone są one przez opieńkę oraz hubę korzeniową. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tych patogenów stosowane są metody biologiczne (zabezpieczanie pniaków preparatem PG IBL – Phlebia gigantea) oraz mechaniczne (usuwanie i palenie porażonych drzewek w uprawach i młodnikach).
W ochronie drzewostanów iglastych przed owadami na terenie Nadleśnictwa Komańcza istotne znaczenie ma monitorowanie wielkości pojawu populacji i ochrona drzewostanów (świerk, sosna) przed szkodnikami wtórnymi (atakującymi drzewa osłabione), a szczególnie dotyczy to drwalnika paskowanego, kornika drukarza i cetyńców. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu. Zagrożenie od kornika i drwalnika monitorowane jest poprzez wykładanie ok. 100 szt. pułapek feromonowych, a stopień zagrożenia odczytywany jest po ilości odławianych owadów.
Bardzo ważnymi sprzymierzeńcami leśnika w walce z nadmiernym rozmnożeniem się szkodliwych owadów są ptaki. Aby poprawić ich warunki bytowania, wywieszamy w lasach budki lęgowe. Zimą, gdy panują trudne warunki, dokarmiamy również ptaki na masową skalę. Dużą pulę karmy dla ptaków przekazujemy dla miejscowej ludności i szkół, którzy też chętnie biorą w akcji zimowego dokarmiania ptaków.
Duże znaczenie gospodarcze mają szkody powodowane przez zwierzynę (jeleń, sarna,), którym zapobiega się w uprawach przez grodzenie, smarowanie repelentami, zabezpieczanie winidurowymi osłonkami spiralnymi oraz palikowanie cennych gatunków, a w młodnikach głównie przez zabezpieczanie pnia repelentami. Zimą podczas wykonywania prac z zakresu pozyskania drewna pozostawia się zwierzynie gałęzie, a dodatkowo ścina się i pozostawia w lesie niewielką ilość drzew zgryzowych (osika, iwa itp.).

Zagrożenia antropogeniczne
Lasy Nadleśnictwa Komańcza są mocno zróżnicowane i charakteryzują się niewielkim, III stopniem zagrożenia pożarowego. Niewielkie zagrożenie pożarowe występuje wczesną wiosną oraz jesienią w sąsiedztwie terenów z nieskoszonymi zeschłymi trawami. Przy istniejącym słabym zagrożeniu pożary lasów nie występują.  
Bardzo ważnym czynnikiem powodującym ograniczenie zagrożenia pożarowego w poszczególnych porach roku są warunki meteorologiczne, takie jak: opady atmosferyczne, prędkość i kierunek wiatru, natężenie promieniowania słonecznego, temperatury powietrza i wilgotności powietrza, które nie pozwalają na trwanie długich okresów bezdeszczowych.  
Przez tereny nadleśnictwa przebiegają ważne szlaki komunikacyjne – drogi wojewódzkie nr 897 i 893 oraz linia kolejowa nr 107 (okresowo nieczynna), co może przyczynić się do zwiększenia zagrożenia pożarowego.
Największe zagrożenie pożarowe na terenach leśnych spowodowane jest jednak nieprzestrzeganiem przepisów przeciwpożarowych przez ludzi przebywających w lesie. Z ustawy o lasach wynika m.in., że w lasach i 100 metrów od nich nie można używać otwartego ognia. Nadleśnictwo wyposażone jest dwie bazy sprzętu pożarowego. Na terenie nadleśnictwa zlokalizowana jest sieć punktów czerpania wody na ciekach naturalnych oraz dojazdów pożarowych w celu zaopatrzenia wodnego samochodów gaśniczych.  Łączność w celu szybkiego reagowania w przypadku wystąpienia pożaru zapewnia posiadana sieć telefoniczna i telefonia komórkowa.